木柵教會是1975年10月由北部教會聯合開拓。木柵教會的成立，是由北區聯誼會爭取而來，原本GPS計畫在桃園或中壢開拓。教會原北設在木柵保儀路2段地區，後在1976年遷至本址，同年6月20日獻堂。
創設日期：1975 年 10 月 26 日
創設者：北部教會聯合(1972 年 G.P.S.會議後的第二間北部新開拓教會)
開拓者：宋大衛牧師
獻堂日期：1976 年 6 月 20 日
歷任傳教者：
首任：宋大衛牧師（1976年6月至 1978年5月）
次任：翁啟恩牧師（1980年9月至 1982年8月）
三任：廖湧祥牧師（1982年9月至 1984年7月）
四任：林宗要牧師（1985年12月至 迄今)
廖証道牧師（1996年至 2001年）
張文彬傳道（1991年至 1995年）
劉春峰傳道（2004年至 2006年）
郭淵蘭傳道（2006年至 2012年）
李旻諺傳道（2013年至 2014年）
現任：廖俊松傳道（2019年 至今）
沿革
資料重整：洪志芳、陳淑治長老夫婦
木柵教會位於台北市文山區，於1975年10月26日設立，是門諾會來台後所開設之第十四間教會。
1972年11月，聯會在陽明山召開〔教會事工推展研討會〕，簡稱GPS（Goal, Priority & Strategy），會中訂定1972年至1982年，十年間十大優先工作計劃，其中一項為開拓教會，計畫增設五所教會（台北2間，台中2間，花蓮1間），在此目標下，1975年初聯會第十六屆執委會與傳道委員會、教育委員會聯合開會，計畫在當年開拓一所教會，原擬在桃園中壢附近，後因北區聯誼會申請和大同教會卓景輝兄極力推薦，經北區牧者長執和執委會數度勘察後，決定先租屋於木柵保儀路二段一七二巷四號，於一九七五年十月十九日開始聚會，十月廿六日下午二時舉行開設典禮，由聯會主席翁錫信牧師主理，與會者共九十四人。
教會初設，開始時主日崇拜在下午舉行，由北區五間教會牧者輪流主理，亦帶來會友協助禮拜、青年協助主日學。至十二月初，聯會在台神的神學生林金一夫婦受託暫住木柵，協助並管理教會。
一九七六年元月起，主日崇拜改為上午，由林金一、謝偉基牧師、宋大衛牧師分別擔任第一、第二和第三主日講道，第四週由北區牧者輪流，教會中並有卓景輝弟兄夫婦、莊育德弟兄夫婦和李嘉喜姐妹熱心服事，分擔事工，至一九七六年四月復活節，教會遷入木新路三段二三二巷廿九號現址，這是一幢四層樓公寓，購買一、二樓，一樓為教會，二樓為牧師館，每層約 25.5 坪，總價 NT$1,052,000。獻堂典禮於六月二十日舉行，請聯會主席盧光作牧師主持。
教會設立之初，得到北區大同、松江、中和、光復和錫安五教會每月為木柵經費奉獻，也得到大同教會林克宏長老奉獻聖經、聖詩數十本，松江教會贈送風琴、椅子，有些會友奉獻電扇等各項設備，使敬拜所需一應俱全。
自一九七五年開設以來，木柵教會經歷五位牧師牧養，每期均有不同的建設與特色，期間先後得神學生張英聖、曾秀敏、張哲尚、鄭宏輝、陳志榮、游明智、王鏡玲、鍾國義，張文彬和劉春峰等人協助聖工：
一．宋大衛牧師時代 ( 1976.6 ~ 1978.5 )
1．教會初創，宋牧師、牧師娘開設英文查經班，舉行佈道會積極尋找會友。 2．宋牧師利用返美休假機會，四處奔走報告，激發母會會友愛心，為新開拓之木柵教會奉獻。
3．成立委員會建立制度。
4．整理會員籍，每年定期舉行信徒大會，使教會運作步入正軌。
二．翁啟恩牧師時代 ( 1980.9 ~ 1982.8 )
1．第一期擴建工程：1981年，教會在聯會經費補助下打通內部隔間，將浴廁移至後院，拓寬內部聚會空間，使原來可容納約三十名聚會場所擴充至五十人，並更新教會座椅。
2．主日講台中文翻譯：為使教會數位外省兄姐更清楚講台信息，由司會以中文翻譯牧師講道。
3．有系統帶領查經，並為促成教會經濟獨立， 爭取 CES 貸款改由聯會負擔有成。
4．1982年 8月，翁啟恩牧師離任，應聘赴台中惠明盲校服務。
三．廖湧祥牧師時代 ( 1982.9 ~ 1984.7 )
1．第五屆信徒大會通過廖湧祥牧師來牧會，廖牧師有系統帶領查經。
2．1982年10月24日，教會設教七週年，廖牧師就任，發起會友為教會修建奉獻，擴建教會前院並修建講台，經會友游素素姐妹之兄長游承興建築師設計，教會彭俊豪和賴忠男二位委員協助規劃督工。
3．1983年成立小型圖書室供會友借閱，1984年7月，教會第二期擴建工程完成感恩禮拜，原可容納約 50 人之教會擴充至 70 人。
4．1984年 7月 14日，廖牧師離開本會，前往法國參加門諾會世界大會後赴美深造。
四．林宗要牧師 (1985.12 ~ 迄今 ) / 廖証道牧師 (1996 夏 ~2001 夏 ) 時代
1．每年訂定主題，培養信徒成為〔有氣質的基督徒〕，〔成熟的基督徒〕並有〔充實的人生〕。
2．推動信徒家庭禮拜，鼓勵每日讀經。
3．1985年夏，教會購置冷氣機，改善禮拜堂空氣調節，1984年9月起開放教會供附近實踐國小教員英文查經班聚會之用。
4．1985年 8月起，開放教會供附近景美女中團契週間聚會之用。
5．1988年初信徒大會，訂定建堂基金目標一百萬元；為增加主日學兒童及青少年活動空間， 教會計劃增購一幢房屋為牧師館，則教會二樓可闢為宗教教育及青少契活動之用。
6．1987、1988年暑期，林牧師和師母赴美探親，安排任教於台灣神學院的梁重光牧師來協助教會 各項聖工，會友與梁牧師也建立良好的主內情 誼。
7．1989年委員會改制為長執會，辦理長執和主日學教員講習訓練。更新音響設備、增設錄放影機供主日學教學使用。
8．1990年 10月，慶祝教會設教十五週年，出版紀念特刊。
9．1991年6月神學生張文彬自台神宗哲系畢業，長執會聘請張弟兄自7月起擔任傳道，協助教會事工，8月張傳道通過台神神研所考試，帶職進修。1994年6月張文彬弟兄台神神研所畢業，8月7日就任本會專任傳道。1995年9月張文彬傳道離職，赴花蓮門諾醫院擔任院牧室同工。
10．1996夏，廖証道牧師由台中和平教會轉任本會，與林牧師配搭事奉。
11．2000年 1月 23日本會第廿三屆信徒大會通過『林宗要牧師為木柵教會的終身牧師』
12．2000年 6月，教會出版林宗要牧師講道集『草地囝仔做牧師』。
13．2001年夏，廖証道牧師受聯會之託，赴桃園開拓中平教會，離開本會。
14．2002年春，台神神研所二年級學生劉春峰偕妻郭淵蘭至本會實習 / 事奉。
15．2004年5月，教會增購同一棟公寓的三樓作為牧師館，房屋NT$4,700,000，加上支付第一順位買主100,000、仲介費94,000及簽約費、契稅、登記費等25,016，合計NT$4,919,016， 並整修二樓為教育館。
16．2004年 8月，劉春峰自台神神研所畢業， 擔任本會傳道。
17．2005年10月23日，慶祝教會設教三十週年暨林宗要牧師牧養本會二十週年，舉行感恩禮拜，邀請楊啟壽牧師証道，本會出版林牧師講道集續集『受恩蒙福的一生』、作教會紀事投影片以及三十週年紀念特刊，本會開拓宣教師宋大衛牧師娘率五位子女及大女婿專程返台參加。
18.2006年 6月劉春峰傳道請假，9 月起聘任郭淵蘭為駐堂傳道。
19.2012年 6月郭淵蘭傳道請辭，10 月起申請台灣神學院三年級學生李旻諺前來實習。
20.2013年 7月起聘任李旻諺為駐堂傳道。
21.2014年 6月李旻諺傳道請辭，返回長老會服事。
