門諾會大約 20 世紀初才正式啟動，當時的重點工作放在中國大陸，台灣並不列在傳教計畫當中。
門諾會跨足台灣，始於 1947年，是由長老會孫雅各 (James Dickson) 牧師邀請門諾會 MCC 來台協助山地的醫療事工。門諾會在中國大陸的傳教工作開始於 1905年，但因為種種環境困難和政策等因素，海外宣道會決定來台宣教。
門諾會在中國大陸的宣教開始於 1905 年最早由門諾兄弟會的巴爾特牧師（Loyal Bartel）在山東自力開拓。門諾會宣道會聯合兄弟會在 1909 和 1912 派宣教師薄清潔牧師和魏牧師分別在河北和福建省展開傳教工作；薄清潔牧師日後在河南開州及河北大明設立教會，並設學校、醫院。
門諾會在中國大陸稱為「清潔會」，耕耘47年後大陸淪陷共產黨才撤離。
門諾醫院是門諾會最早成立的重要機構，在醫療傳教工作上有相當的地位。
